Aufgrund intensiver landwirtschaftlicher Nutzung hat das Rhinluch in der 2. Hälfte des letzten Jahrhunderts einige Vogelarten verloren, für die es lange Zeit ein letzter Rückzugsraum war. Das Birkhuhn, welches bis in die 1970er Jahre ansässiger Brutvogel war, ist hier bereits ausgestorben. Großer Brachvogel, Große Rohrdommel und Großtrappe werden zur Zeit nur noch als seltene Gäste beobachtet.

Dennoch bleibt das Rhinluch ein Schwerpunktgebiet für geschützte Arten wie Kranich, Weißstorch und Biber, für die es als Verbreitungszentrum, Wanderkorridor oder Rastgebiet unverzichtbar ist. Daneben bieten zahlreiche naturnahe Bereiche mit Feuchtwiesen, Gebüschen, Röhrichten, Sumpf- und Wasserflächen vielen weniger bekannten Arten Lebensraum. Zum Beispiel brüten hier vier Rohrsängerarten, drei Schwirlarten, die Bartmeise und das Blaukehlchen. Auch für die Rotbauchunke ist das Obere Rhinluch Verbreitungsschwerpunkt.